Appel 2021

OPEN FOR FRENCH SPEAKING PARTNER COUNTRIES ONLY

Atelier thématique sur la taxonomie, le principe du code-barres ADN et la phylogénie moléculaire – appel à participation 2021

Contexte

L'obstacle taxonomique désigne les lacunes dans nos systèmes et connaissances taxonomiques, le manque de taxonomistes et de conservateurs formés, l'inégalité d'accès aux informations et aux collections taxonomiques, et l'inégalité de la disponibilité des infrastructures taxonomiques. Ce manque représente un « obstacle » pour l'étude, la description, le suivi et la protection de la biodiversité, et entrave ainsi la mise en œuvre de la Convention sur la Diversité Biologique (CDB), en particulier dans les pays en développement méga divers.

Le Point Focal National (PFN) belge pour l'Initiative Taxonomique Mondiale (ITM ou GTI) dans le cadre du programme CEBioS a pour objectif de contribuer à surmonter cet obstacle taxonomique dans les pays partenaires de la Coopération belge au Développement, entre autres en organisant des formations thématiques pour améliorer les connaissances et compétences de base des participants dans des domaines pertinents pour plusieurs groupes taxonomiques.

Dans ce contexte, l'appel à participation actuel porte sur le principe du code-barres ADN et la phylogénie moléculaire, des techniques qui ont gagné en popularité au cours des dernières dizaines d'années en tant que méthodes complémentaires à la taxonomie/classification traditionnelle.

Lieu et date de l’atelier

Lieu : Université Mohammed V de Rabat, Maroc

Date : mi-septembre 2021 (dates exactes à déterminer)

Note importante : Cet atelier constitue une collaboration unique avec les partenaires marocains et se tiendra à la date indiquée si les mesures COVID marocain le permettent. Si la situation sanitaire dans d’autres pays se dégrade et que les candidats GTI sélectionnés ne peuvent pas voyager, l'atelier ne sera pas reporté et la participation de non-Marocains sera annulée et expirera.

Candidats éligibles

Sont éligibles : les chercheurs/étudiants des pays partenaires francophones de la Belgique qui ont été sélectionnés en 2020 pour un stage GTI en taxonomie et/ou en gestion des collections en Belgique en 2021 et qui ont encore besoin d'une formation de base sur le sujet ; des candidatures de stagiaires GTI rwandais seront également considérées.

Bien que priorité sera donnée aux stagiaires GTI actuels, les alumni du GTI des pays partenaires francophones de la Belgique (Bénin, Burkina Faso, Burundi, Côte d'Ivoire, Guinée, Maroc, Niger, R.D. Congo, Togo, et aussi Rwanda) qui ont bénéficié d'une bourse de stage GTI en Belgique en 2018 et/ou 2019 peuvent également postuler, ainsi que d'autres chercheurs ou étudiants de ces pays actuellement impliqués dans des activités du CEBioS, à condition qu'ils puissent clairement indiquer pourquoi cette formation serait bénéfique pour leurs recherches/institution.

Objectifs de l’atelier

• Renforcer les connaissances et compétences de base des participants en matière de taxonomie, constitution de collections, codage à barres d’ADN et phylogénie moléculaire, afin de soutenir leurs activités de recherche en taxonomie et en gestion de collections, telles que celles entreprises dans le cadre des stages GTI en Belgique
• Identifier les besoins spécifiques (pour planifier les ateliers futurs)
  
  

Programme de l’atelier

Le programme provisoire de l’atelier est comme suit :

J1+J2 – Taxonomie et collections

• Accueil, tour de table, etc.
• Introduction à la taxonomie : terminologie, journaux scientifiques, etc.
• Introduction à la constitution de collections : étiquetage, bases de données, visite des collections, etc.
• Journal Club 1 : lecture et discussion d'articles scientifiques
  
  

J3+J4+J5 – Biologie et phylogénie moléculaire

• Introduction à la biologie moléculaire : ADN, gènes, variabilité génétique, évolution, spéciation, PCR, marqueurs génétiques, etc.
• Introduction à la phylogénie : lire un arbre phylogénétique, taux de mutation, modèles de substitution, méthodes d’inférence phylogénétique (basées sur les distances, maximum de vraisemblance, …), horloge moléculaire, etc.
• Exercices pratiques : alignement de séquences multiples & construction d'un arbre phylogénétique à l'aide du logiciel MEGA (et/ou autre)
  
• Journal Club 2 : lecture et discussion d'articles scientifiques

WEEK-END

J6+J7+J8+J9 – Méthodologies d'échantillonnage et code-barres ADN

• Méthodes d'échantillonnage pour divers groupes taxonomiques
• Introduction au codage à barres d’ADN : extraction d'ADN, ADN dégradé, amplification par PCR & choix des amorces, séquençage Sanger, principes du code-barres ADN, équipement & bonnes pratiques de laboratoire de biologie moléculaire, etc.
• Excursion de terrain
• Exercices pratiques : constitution d'une petite collection, extraction d'ADN, PCR, etc.
• Journal Club 3 : lecture et discussion d'articles scientifiques
  
  

J10 – Suivi de la biodiversité

• Introduction au suivi de la biodiversité : but, protocoles, taxons indicateurs, biais taxonomiques/géographiques, etc.
• Exercices pratiques : recherche d'informations sur la biodiversité (en utilisant des bases de données comme WoRMS, FishBase, GBIF, NCBI GenBank, etc.)
• Clôture de l’atelier
  
  

Préparation d'une candidature et instructions de soumission

Le nombre de participants étant limité, veuillez répondre au questionnaire électronique via ce lien d’ici le 26 avril 2021 pour soumettre votre candidature pour l’atelier.

Pour les candidats autres que ceux actuellement sélectionnés pour un stage GTI en Belgique en 2021, le formulaire de candidature doit être complété par un curriculum vitae actualisé, une photo d'identité et une preuve d'inscription ou d'affiliation à une université ou à une institution de recherche officielle.

Si vous êtes enregistré sur le site, veuillez noter qu'après soumission de votre candidature, vous recevrez un message automatique de confirmation. Les personnes ayant rempli le formulaire sans se connecter au site (= utilisateur anonyme) ne recevront pas de message de confirmation.

Si vous rencontrez des problèmes pour accéder au questionnaire, vous pouvez également nous envoyer un message (cbd-gti<at>naturalsciences.be) en répondant aux questions suivantes :

• Nom de famille
• Prénom(s)
• Nationalité
• Date de naissance
• Genre
• E-mail professionnel
• E-mail personnel
• Numéro(s) de téléphone dans votre pays de résidence
• Nom de votre institution/organisation
• Niveau professionnel (étudiant en Licence, étudiant en Master, étudiant en Doctorat, chercheur/taxonomiste titulaire d’un diplôme de Master, taxonomiste titulaire d’un doctorat, parataxonomiste, ou technicien)
• Fonction dans votre institution/organisation
• Domaine de recherche : objectifs principaux de votre recherche, groupe(s) taxonomique(s) et écosystème(s) étudiés, méthodes de recherche, etc. - Les candidats qui sont actuellement sélectionnés pour un stage GTI en Belgique en 2021 ne doivent pas répondre à cette question
• Résumé de votre expérience/collaboration avec CEBioS jusqu’à aujourd’hui (quels projets/stages, quand, où, etc.) - Les candidats qui sont actuellement sélectionnés pour un stage GTI en Belgique en 2021 ne doivent pas répondre à cette question
• Avez-vous déjà reçu une formation de base sur le sujet de l'atelier, par exemple dans le cadre d’un autre atelier organisé, de vos études supérieures, etc. ? Si oui, merci de préciser le nom de la formation/du cours ainsi que la date, la durée, le lieu, le financement, etc.
• Quels aspects de l’atelier vous intéressent le plus et pourquoi ?
• Pertinence de l’atelier : comment pourrez-vous appliquer les connaissances et compétences acquises pendant l’atelier dans vos recherches, votre carrière, et votre stage GTI (si d'application) ? Veuillez préciser clairement.
• Quelle est votre expérience en matière de codage à barres d’ADN et de phylogénie moléculaire ? Veuillez préciser les connaissances et compétences de base/avancées que vous possédez déjà.
• Si vous avez déjà de l'expérience en matière de codage à barres d’ADN et de phylogénie moléculaire, pourquoi l'atelier – offrant une formation de base – vous serait-il encore utile ?
• Avez-vous la possibilité d'effectuer des analyses moléculaires dans votre institution ? Si oui, veuillez indiquer les possibilités (ainsi que les défis) qui existent au sein de votre institution pour la réalisation de telles analyses ; si non, veuillez expliquer les difficultés.
• Aurez-vous la possibilité de transmettre les connaissances et compétences acquises ? Si oui, comment et à qui?
• Pour la partie de l'atelier dédiée à l'alignement des séquences et à la construction d'arbres phylogénétiques, il y a la possibilité de travailler sur vos propres séquences d’ADN ; si vous disposez déjà de séquences, veuillez préciser.
• Y a-t-il une méthode d'inférence phylogénétique particulière que vous souhaiteriez apprendre ? Si oui, laquelle ? Par exemple, neighbour joining, maximum de vraisemblance, etc.
• Auriez-vous un ordinateur portable à votre disposition pour l’atelier qui contienne vos données (si vous les avez déjà) et qui peut se connecter à internet ?
• Si vous êtes actuellement sélectionné pour un stage GTI en Belgique, êtes-vous en mesure de voyager vers la Belgique directement après l'atelier ? Si oui, veuillez également indiquer si vous voyagez avec des échantillons et en quoi ils consistent.

Dates indicatives pour l'évaluation des candidatures et le déroulement de l'atelier

  
Contacts

Pour toute question ou si vous n’avez pas reçu de confirmation de la réception de votre candidature suivant son envoi, veuillez nous contacter à l’adresse cbd-gti<at>naturalsciences.be.